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与登抚袁可立
纵观明代巡抚节镇登莱，袁可立是唯一从大局出发长时间有效支持毛文龙的登莱巡抚。袁可立上任不到十个月，毛文龙就被加秩进阶直赐尚方剑。[2]他御文龙多得牵制之功，毛文龙的主要战绩和荣誉都是在这一时期取得的。毛文龙在袁可立的扶持下不断被加秩晋阶，开始恃功自傲，而其时朝官对毛文龙的质疑声浪日高。天启三年十月，皇帝嘉奖道：“巡抚佥都御史袁可立厥治行劳哉，赐汝朱提文蟒。汝嘉而毛帅骄愎不协，蛊于兵，满蒲、昌城袭报用敢献功。”[3]“乃满浦、昌城之捷，谓兵不满千，未交一战，不遗一矢，而使（虏）自相践踏，其被炮死者二万有余，马之走死者三万有余，止余真夷二万。公（袁可立）心颇疑之，私谓敷实而后报，不失于慎。”[4]“于是移檄东江，核其虚实。而毛帅嫉公如仇，嗾言官寻端中之。”[5]袁可立奉旨核查他的战报和军饷，由此为毛帅忌恨。这时忽然就有一个阉党宋祯汉苟合自己的几个同年东林人士宋师襄、方有度、庞尚廉等组成的利益集团利用了毛文龙和袁可立的矛盾，轮番恶意攻击袁可立。以至于天启皇帝看不过去，公开打抱不平切责道：“大臣去留悉听上裁，言官论人当存大体，不必连章抟击。”[6]时朝中阉党横行，党派相攻者无虚日，而阉党也欲除掉袁可立以剪孙督师之翼。袁可立没有意气用事，而是“力柔其（毛文龙）骨”[4]，劝毛“臣子勿欺”，“公（袁可立）故奇其（毛文龙）胆智。”[4]他认为毛文龙的存在事关明金战争大局，不是随便找个人就能替代的，最后是自己选择了“功成身退”。
甚至在地震时还在向朝廷上疏请求“预筹毛帅之接济”。[6]天启二年五月初二日，杨嗣昌刚上任就替袁可立向皇帝请饷道：“抚臣袁可立受命方新，请发帑金二十万安兵散民，似非得已。惟在圣明裁定，赐予若干。”[7]还有一些重山海轻沿海的激进朝官指责袁可立袒护毛文龙道：“毛文龙居海外,屡以虚言逛中朝,登莱巡抚袁可立每代为奏请。”袁可立两头受气，处境十分尴尬。
袁可立去，毛文龙无人能御，导致了后来一系列悲剧事件的发生，这可能也是毛文龙和当时的明廷所始料未及的。
不过，毛文龙占居的东江，形势虽然足以牵制后金，但他本人谋略有限，每年浪费的军饷无法计算，并且只顾征招商贾，贩卖禁物，名义上在援助朝鲜，实际上是妄出边塞，没有军事的时候就以变卖人参、布匹为职事，有战争，也很少得到过他的功用。工科给事中潘士闻弹劾毛文龙浪费军饷滥杀俘虏的罪行，尚宝卿董茂忠请求撤了毛文龙的兵，专门整治山海关、宁远的军队。兵部讨论认为不行。袁崇焕心里对毛文龙不高兴，曾上书请求派部臣到毛文龙处清理粮饷。毛文龙讨厌有文臣在身边牵制，上书反驳，袁崇焕很不高兴。等到毛文龙来拜访时，袁崇焕按宾客之礼迎接他，毛文龙又不谦让，袁崇焕除掉毛文龙的主意更加坚决了。
被杀
到了这个时候，袁崇焕就以阅兵为名，乘船到达双岛，毛文龙前来会面。袁崇焕同他设宴饮酒、行乐，每每到半夜才罢，毛文龙没有觉察袁崇焕的意思。袁崇焕同他商量更改营制，设立监司，毛文龙很不高兴。袁崇焕用离职返乡劝说他，毛文龙回答说：“以前有这个意思，但现在只有我了解东部战事，等东部战争完毕，朝鲜衰弱，可以一举而占有。”袁崇焕更加不高兴，就在六月五日这天邀请毛文龙来观看将士们射箭，先在山上设了帷帐，命令参将谢尚政等安排身穿铠甲的士兵埋伏在帐外。毛文龙来后，他手下的士兵不能进帐里来。袁崇焕说：“我明天出发，海外的事情全寄托在您身上了，请受我一拜。”互相拜见之后，一起登上山来。袁崇焕问起他随从军官的姓名，多是姓毛的。毛文龙说：“这些人都是我的孙子。”袁崇焕笑了，说道：“你们在海外劳苦多日，每月禄米也只有那么一斛，说起来痛心呢，也请受我一拜，大家都为国家尽力。”这些人都叩头道谢。
袁崇焕就此诘问毛文龙几桩违令的事情，毛文龙做了对抗性的辩解。袁崇焕高声喝斥他，让人扒下他的帽子和袍带，把他捆了起来，毛文龙仍很倔强。袁崇焕说：“你有十二条该斩头的大罪，知道吗？按我朝祖宗定下来的制度，大将领兵在外，必须接受文官的监视。你在这边一人□□，军马钱粮都不接受核查，一该杀。大臣的罪没有比欺骗君主更大的，你送上奏章全都蒙骗，杀害投降的士兵和难民，假冒战功，二该杀。大臣没有自己的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不道，三该杀。每年饷银几十万，不发给士兵，每月只散发三斗半米，侵占军粮，四该杀。擅自在皮岛开设马市，私自和外国人来往，五该杀。部将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随意发给布帛上千匹，走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带，六该杀。从宁远返回途中，劫掠商船，自己做了盗贼，七该杀。强娶民间女子，不知法纪，部下效仿，使得百姓不安于家，八该杀。驱使难民远远去帮你盗窃人参，不听从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀。用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀。铁山一战败北，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀。设镇八年，不能收复一寸土地，坐地观望，姑息养敌，十二该杀。”宣布完后，毛文龙丧魂失魄，说不出话来，只是叩头请免他一死。袁崇焕召他的部将来说：“毛文龙这样的罪状，该不该杀他？”大家都怕得唯唯诺诺，谁敢反对？中间有称道毛文龙数年劳苦的，袁崇焕训斥说：“毛文龙本是一个平民百姓罢了，官做得最高，全家都得以荫封，足够报他的辛劳了，他怎么就这样悖乱违逆呢！”接着就磕头请求皇帝的旨意说：“我今天杀毛文龙以整顿军纪。将领中间有和毛文龙一样的，都要杀了他们。我不能成功的话，请皇上也像杀毛文龙一样杀了我。”于是取下尚方宝剑在帐前把毛文龙的头砍了下来。出来告诉他的将士们说：“只杀毛文龙一个人，其他人都没有罪。”
这时候，毛文龙麾下凶猛强悍的官兵有数万人，都怕袁崇焕的威风，没有一个敢乱动的。袁崇焕命人用棺材埋了毛文龙。第二天，用肉酒等祭品祭奠他说：“昨天杀你，是朝廷的法律；今天我祭奠你，是出于同僚、友人的感情。”并为他落下了泪。接着分拨毛文龙的士兵二万八千人为四协，任用毛文龙的儿子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首领。收回毛文龙的敕印、尚方宝剑，令继盛代他掌管。又犒劳军士，传檄安抚各岛人民，全部废除了毛文龙的苛政。回到镇上以后，把毛文龙一事上书报告皇帝，末尾说：“毛文龙作为大将，不是我可以擅自诛杀的，所以我谨席橐待罪。”当时是崇祯二年（1624）五月。庄烈帝突然听到这个消息，大吃一惊，但想到毛文龙既已死去，当时又靠着袁崇焕，所以就以赞扬的态度下诏书褒奖他。不久又传旨公开毛文龙的罪行，用以稳定袁崇焕的心；毛文龙埋伏在京城的爪牙，也命令法司加以搜捕。袁崇焕又上书说：“毛文龙一介匹夫，不守法竟至于这种程度，是因为海外便于作乱。他的部队连老带幼一起算有四万七千人，假称十万，并且中间有很多百姓，兵还不到两万，擅自设将领千人。现在不便于再设总帅，就以继盛代行其事，这样算来是方便的。”崇祯回答可以。
事后影响
袁崇焕杀了毛文龙，怕他的部下发动兵变，所以增加饷钱
至十八万两银子。然而岛上的兵失去主帅后，渐渐地散了心，越发不可征用了。以后直至有背叛投敌的。袁崇焕上书说：“东江一镇，想牵制敌人还必须借助它。今定为两协，马军十营，步军五营，每年需饷银四十二万两，米十三万六千石。”崇祯因为兵减少粮饷增加很有点情绪，因为袁崇焕，就特别地按他的请求办了。
袁崇焕在辽东，和赵率教、祖大寿、何可纲等确定兵制，渐渐推行到登、莱、天津，等到确定东江兵制以后，合计四镇兵共十五万三千有余，马匹八万一千有余，每年耗费饷银四百八十余万两，比过去减少了一百二十万。[8-9]
袁崇焕斩毛文龙后，可说是为后金长驱南下解除了后顾之忧，三个月后就发生了后金兵临北京城下的“己巳之变”——后金约十万精兵绕道内蒙古，由喜峰口攻陷遵化，直迫明都北京。