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台湾南部登陆，攻克荷兰殖民者的巢穴赤嵌城(今安平)。次年，荷兰总督投降，郑氏占领台湾。
康熙二年（1663年癸卯）
五月诏天下钱粮统归户部，部寺应用，俱向户部领取，著为令。为慈和皇太后上尊谥孝康熙慈和庄懿恭惠崇天育圣皇后。奉移世祖梓宫往孝陵，奉安地宫。
康熙三年（1664年甲辰）
四月鳌拜奏内大臣费扬古之子侍卫倭赫擅骑御马，费扬古怨，被籍家弃市。诏令工部织染局归内务府。
康熙四年（1665年乙巳）
九月册立辅臣索尼之孙女赫舍里氏为皇后。
十月康熙帝首至南苑校射行围。
康熙五年（1666年丙午）
十二月鳌拜矫旨杀苏纳海、朱昌祚、王登连。
康熙六年（1667年丁未）
正月封世祖第二子皇兄福全为裕亲王。
六月，索尼病死。
七月，康熙亲政。
九月命修《世祖实录》。康亲王杰书议苏克萨哈罪。十一月冬至，祀天于圜丘，奉世祖章皇帝配享。
康熙十年（1671年辛亥）
正月封世祖第五子常宁为恭亲王。
二月命编纂《孝经衍义》。
康熙十一年（1672年壬子）
二月康熙帝至先农坛首次行耕耤礼。朝日于东郊。
爱新觉罗·胤禔（1672-1734年）出生，是为皇长子
康熙十二年（1673年癸丑）
正月幸南苑，大阅八旗将士。此后或行大阅于卢沟桥，或玉泉山，或多伦诺尔；地无一定，时间亦不以三年为限。三藩之乱爆发。
再次禁止虐待奴仆和殉
准格尔部内乱
康熙十三年（1674年甲寅）
五月皇次子胤礽生，皇后崩于坤宁宫，谥号“仁孝皇后”
十二月康熙帝拟前往亲征三藩叛乱，王大臣以京师为根本重地，且太皇太后年事已高，力谏乃止。提督王辅臣陕西策应三藩叛乱，杀经略莫洛。
爱新觉罗胤礽（嫡长子，皇次子）出世
康熙十四年（1675年乙卯）
康熙出巡图
四月以上谕确立经筵的形式为侍臣进讲，然后皇帝复讲，互相讨论以达到对经义有所阐发。
十二月册嫡子胤礽为皇太子，诏告天下
康熙十五年（1676年丙辰）
正月以建储上太皇太后、皇太后徽号。因军需浩繁，民力唯艰，暂停仁孝皇后陵寝建造之工。
十月康熙帝命讲官进讲《通鉴》。耿精忠势穷而降，三藩叛域浙、闽、陕渐次平定。
康熙十六年（1677年丁巳）
二月幸南苑行围。大阅于南苑，命内大臣、大学士、学士诸文臣亦俱披甲。
皇三子爱新觉罗·胤祉出生
康熙十七年（1678年戊午）
正月诏中外臣工各举博学通才之，以备顾问，由皇帝亲试。大学士李霨等举荐曹溶等71，命赴京齐集请旨。
二月制《四书讲疏义序》。皇后钮祜禄氏崩于坤宁宫，辍朝五日，谥曰孝昭皇
后。
十月三十皇四子胤禛出世即雍正皇帝
康熙十八年（1679年己未）
正月平定三藩之乱已取得阶段性胜利，康熙帝御午门宣捷。
□授予噶尔丹博硕克图汗称号
康熙十九年（1680年庚申）
四月以学士张英等供奉内廷，日备顾问，下部优恤，高士奇、杜讷均授翰林官。命南书房翰林每日晚讲《通鉴》。宗府进《玉牒》。设武英殿造办处。谕：凡放匠之处，妃、嫔、贵等不许行走，待晚间放匠后方许行走。
康熙二十年（1681年辛酉）
正月增置讲官。
平定三藩之乱
爱新觉罗·胤禩(1681-1726)清康熙帝第八子生
康熙二十一年（1682年壬戌）
正月上元节，赐群臣宴，观灯，用柏梁体赋诗。上为制《升平嘉宴诗序》，刊石于翰林院。
康熙二十二年（1683年癸亥）
二月康熙帝初次幸五台山。
五月设汉军火器营。
爱新觉罗·胤禟（1683-1726），清康熙帝的第九子生。爱新觉罗·胤礻，清康熙帝第十子生。
康熙二十三年（1684年甲子）
正月命整肃朝会礼仪。首次纂修《大清会典》，自崇德元年至康熙二十五年。
二月以萨克素兵临雅克萨。
四月谕讲官，讲章以精明晰为尚，毋取繁衍。
政治
立储缘由
1前朝历史教训
康熙帝的曾祖父努尔哈赤、祖父皇太极临死之前都没有公开确定并宣布皇位继承，努尔哈赤死后由八旗旗主公推新汗，皇太极死后由实力较强的诸王、大臣议立新君。由此引起争夺大位的事件，几乎兵戎相见，使政权濒于分裂的危险。
2皇族旗权矛盾
皇权是指皇帝的权力，旗权是指八旗贵族的权力，二者有统一、也有矛盾。天命末、崇德末的皇位继承，旗权占主导地位。顺治朝由诸王、大臣议立新君的制度开始发生变化。顺治帝24岁病逝前，想不遵祖制，以从兄弟为继承。但他的愿望没有实现。最后由顺治帝与孝庄太后、诸王、大臣等商量，决定由皇三子玄烨来继承皇位，四大臣索尼（正黄旗）、苏克萨哈（正白旗）、遏必隆（镶蓝旗）、鳌拜（镶黄旗）辅政，皇权与旗权取得了折衷。康熙帝立皇太子，为的是强化皇权，削弱旗权。
3学习汉经验
康熙帝学习并接受儒家经典，研究中原历朝统治经验，深悉预立储君有利于皇权的连续性与稳固性，是巩固清王朝统治的头等政治大事。他开始接受历代皇位继承的经验，特别是明王朝皇位嫡长制继承皇位的历史传统。
4平定叛乱所需
当时发生“三藩”之乱，伪托“朱三太子”反清复明，以之为号召聚众起义，使康熙帝看到“太子”威力之大。他命杀掉吴三桂唯一的儿子、北京做质的额驸吴应熊，以丧其志，绝其望；同时，自己也立皇太子，以为身后预作准备，并有壮大声势、稳定心、加强皇权、巩固统治的作用。
5特殊原因
皇太子胤礽的生母是皇后赫舍里氏，出身显赫，她的爷爷索尼是辅政大臣、一等公，她的父亲噶布喇是康熙的领侍卫内大臣，她的叔叔索额图则官至大学士。赫舍里氏12岁嫁给玄烨，两恩爱，但不幸生育胤礽时因难产而死，年仅22岁。康熙帝与这位早逝的皇后感情很深。举个例子：康熙十三年（1674年）五月初五日，赫舍里氏去世后第三天，梓宫迁于紫禁城西，直到二十七日，康熙帝几乎每天都去举哀；后来他亲自将梓宫送往昌平巩华城，从六月到十二月，他去巩华城34次，第二年又去了24次，第三年去了15次。有学者统计，从康熙十三年到十六年，他一共去了80次。这四年里，每逢腊月二十九，他都去巩华城陪伴亡灵。母因子死，子以母贵。康熙帝对这位嫡子格外关爱，决定改变曾祖父、祖父、父亲三代皇位继承制度，而实行皇位嫡继承制，预立胤礽为储君。
立储失败的原因
作为一代圣主的康熙帝为什么处理不好储位继承的问题？
1皇帝与储君的矛盾
一、没有处理好皇帝与储君的矛盾。当时处于八和硕贝勒共治国政向中央集权过渡时期，预立储君，包括皇帝、满洲贵族和储君本都一时无法适应这种新的情况。比如，实行储君制度，就应当坚持储君不御政。皇太子御政，必然引发皇太子与皇帝的权力冲突。皇太子御政，必然从中植成党羽，与皇权相争。康熙帝一方面改革前代的皇位继承制度，建立储君；另一方面又让太子领兵从政，派皇太子和其他皇子参与各种军政事务，其本意是锻炼和培养皇子，让他们为国家建功立业。皇太子权势的增长侵犯和威胁了皇权。无形中朝廷里似乎要出现两个中心，至高无上的皇权受到侵犯。康熙帝事与愿违，陷入旋涡，遭到失败。
2太子与皇子的矛盾
第二，没有处理好太子与皇子的矛盾。明帝国诸王“列爵而不临民、食禄而不治事”，清朝诸王“内襄政本、外领师干”，这样太子与皇子便发生矛盾。康熙帝本意是培养教育皇子，却使他们增长了对权力与财富的**。这不依康熙帝的意志为转移，也不是皇太子主观意志所决定的。诸皇子成之后，赐封世爵，分拨口，建立府第，设置官署，对内临政，对外领兵。各自所属员又“各庇护其主”，甚而纠集党羽。这本身就容易与皇权产生某种矛盾。如果设立皇太子，其地位高于诸王，近于皇帝，又必然为诸皇子所不容，使矛盾更趋复杂。康熙帝两立两废皇太子，既是皇帝与储君矛盾，也是太子与皇子矛盾尖锐化的集中表现。
军事
收复台湾，开府设县
初步形成了剿抚并用的方针，即“乱则声讨，治则抚绥”（《清圣祖实录》卷180，康熙36年2月壬寅），“仰凭天道，俯惬情，以万不得已而用兵”（《御制亲征平定朔漠方略序》）。康熙认为：“帝王治天下自有本原，不专恃险阻”，“守国之道惟修德安民，民心悦则邦本得，而边境自固，所谓众志成城者是也”（《清圣祖实录》卷151，康熙三十年五月丙午）。为了维护祖国统一，康熙二十二年（1683年），康熙以施琅为福建水师提督，收复了台湾。康熙二十三年（1684年），清政府台湾设一府（台湾府）三县，即台湾县（今台南）、凤山县（今高雄）、诸罗县（今嘉义），隶福建省，并台湾设巡道一员，总兵官一员，副将二员，兵八千。澎湖设副将一员，兵二千。从而加强了中央对台湾的管辖，促进了台湾经济文化的发展。
平定准噶尔叛乱
清初，西北方居住的蒙古分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。漠北喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部漠西厄鲁特蒙古内部又分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。清军入关之前，漠南蒙古就已归附大清，喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部，也与清政府关系密切。
噶尔丹起兵被粉碎以后，喀尔喀蒙古各部又回到了原来的居住地。清政府的帮助下，噶尔丹暂时退兵。
玄烨设置将军和参赞大臣率兵驻守科布多和乌苏雅台等重镇，加强了对喀尔喀蒙古各部的管理和统治。
谥号：合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝敬诚信功德大成仁皇帝，简称仁皇帝。诏令工部织染局归内务府。